目次
注意事項
ブートローダーアンロックやカスタムリカバリ導入、Root化によって、メーカーの補償は一切きかなくなります。また作業中にデータが消えたり、端末が起動しなくなってしまったとしても当方では一切責任は負えません。
全て自己責任で作業を行ってください。
準備しておくこと
1.Nexus5X/Nexus6Pのブートローダーをアンロックする。手順はNexus5X/Nexus6Pのブートローダーアンロック方法・手順。を参照してください。ブートローダーアンロックをすると、内部ストレージも含めたデータが全て消去されます。必要なデータは事前に必ずバックアップをしておきましょう。なお、アプリやアプリデータのバックアップにはHeliumが便利です。Heliumの使い方は、Heliumの使い方。AndroidのアプリとアプリのデータをRoot化せずにまるごとバックアップ・復元できる必須アプリ。を参照してください。
2.Nexus5X/Nexus6Pにカスタムリカバリ TWRPを導入しておく。導入方法はNexus5X/Nexus6PにカスタムリカバリTWRPをインストールする方法。を参照してください。ブートローダーアンロック後にアプリをすでにインストールしている場合は、TWRPを導入する前にNexus5X/Nexus6Pを初期化して工場出荷状態に戻しておくことをおすすめします。
私の場合、内部ストレージにデータをそのまま残してTWRPを起動したところ、/dataがマウントできずに内部ストレージの中をのぞけないためroot化ができませんでした。そこでNexus5X/Nexus6Pを初期化したところ、/data以下も問題なく見えるようになりました。
3.Nexus5X/Nexus6PからXDAにアクセスして、最新のSuperSUをダウンロードしておく。2015/11/7現在のバージョンは2.52です。

4.Nexus5X/Nexus6Pのroot化に必要な改造版boot.imgをhttp://forum.xda-developers.com/apps/supersu/wip-android-6-0-marshmellow-t3219344からダウンロードしておく。「bullhead」がNexus5X、「angler」がNexus6P用です。なお、改造版boot.imgを導入することでNexus5X/Nexus6Pの暗号化が強制的に解除(無効化)されます。

5.Nexus5X/Nexus6Pの現在のAndoid OSバージョンが、改造版boot.imgと同じであることを確認しておく。2015/11/7現在、改造版boot.imgのバージョンはNexus5Xが「mra58u」、Nexus6Pが「mdb08k」です。Nexus5X/Nexus6PのAndroid OSバージョンが違っている場合、ブートループ等の原因となります。
Nexus5X/Nexus6PのRoot化方法・手順
準備が整ったら、Nexus5X/Nexus6Pをroot化していきます。改造版boot.imgをインストールする
まずは、改造版boot.imgをインストールしていきます。手順はNexus5XとNexus6Pで共通です。ダウンロードしておいた改造版boot.imgのzipファイルを右クリックして「すべて展開」をクリックします。

「展開」をクリックします。

改造版boot.imgが表示されました。

boot.imgが入ったフォルダの空いた場所でShiftキーを押しながら右クリックして、「コマンド ウィンドウをここで開く」をクリックします。

コマンドプロンプトが開くので、「fastboot flash boot 」と入力します。「boot」の後は半角で1文字分空けておきます。

改造版boot.imgをコマンドプロンプトにドラッグ&ドロップで持っていきます。

boot.imgまでのパスが自動で入力されたらEnterキーを押します。

「finished.total time:~」と表示されれば、改造版boot.imgのインストールは完了です。コマンドプロンプトに「fastboot reboot」と入力してEnterキーを押し、Nexus5X/Nexus6Pを再起動させます。

ブートループにならずに無事Nexus5X/Nexus6Pが起動したら、再度電源を切った後にボリュームダウンボタンと電源ボタンを同時に長押ししてブートローダーを起動します。

TWRPからSuperSUをインストールする
ブートローダー起動後、ボリュームボタンを押して「Recovery mode」が表示されたら電源ボタンで決定します。
ブートローダーのロックを促してきますが無視します。

ここでTWRPが起動するはずですが、もし小さいドロイド君が倒れた画面になったら電源ボタンを押した後にボリュームアップボタンを押して標準のリカバリを起動します。

リカバリモードの中からボリュームボタンを押して「reboot to bootloader」を選んで電源ボタンで決定し、再度ブートローダーを起動してTWRPを導入しましょう。

TWRPが起動したら、/systemをいじれるようにするために「Swipe to Allow Modification」を左から右にスワイプします。

「Install」をタップします。

ChromeブラウザでSuperSUをダウンロードしている場合は、「Download」フォルダ内にあります。「Download」をタップします。

SuperSUのzipをタップします。

「Swipe to Confirm Flash」を左から右にスライドさせてSuperSUをインストールします。

「Successful」と表示されれば、SuperSUのインストールは完了です。「Reboot System」をタップしてNexus5X/Nexus6Pを再起動します。

Nexus5X/Nexus6Pが起動すると、アプリ一覧にSuperSUがインストールされています。

Nexus5X/Nexus6Pでrootアプリを試す
root化したNexus5X/Nexus6Pで、rootアプリが正常に動作するか確認します。Nexus5X/Nexus6PでSELinuxModeChangerでSELinuxがEnforcingであることを確認する
まずは、SELinuxModeChangerでSELinuxがEnforcingであることを確認します。SELinuxにはEnforcing、Permissive、Disableの3種類あり、Enforcingが最もセキュリティレベルが高いです。Enforcingでは正常に動作しないrootアプリがあるといったやむを得ない理由を除いて、SELinuxはEnforcingにしておくことをおすすめします。
Android6.0のNexusでSELinuxをEnforcingのままroot化できるSuperSU v2.50 BETAがリリース。
SELinuxModeChangerは正常に動作しています。

Nexus5X/Nexus6PでRecentlyを試す
Recentlyは、SuperSUの開発者であるChainFire氏が作成したアプリです。Recentlyは、アプリ履歴に一括削除ボタンを表示させることができたり、本来は手動で消さない限り無限に増えていくアプリ履歴に上限を設け、無駄に履歴が残らないようにできるなどかなり便利なアプリです。使い方などの詳細はこちらを参照してください。
[root] Recently:Android 5.0以降の増え続けるアプリ履歴を指定した日数経過後に自動削除したり起動中のアプリ以外は全て自動削除することができる便利なアプリ。
Recentlyも問題なく使えています。

Nexus5X/Nexus6PでTitanium Backupを試す
簡単にAndroidアプリのデータのバックアップや復元ができるTitanium Backupを試してみたところ、バックアップ・復元とも正常に動作しました。
Nexus5X/Nexus6PでLMT Launcherを試す
LMT Launcherは、ディスプレイの端に戻る、ホーム、アプリ履歴キーだけでなくアプリやショートカットなど様々な機能を呼び出すことができるアプリです。戻るキーが届かないような大画面のスマホで、特にLMT Launcherは効果絶大です。私はGalaxy Nexusのころから愛用している、無いと本当に困る便利なアプリです。
LMT Launcher
LMT Launcherも、Nexus5X/Nexus6Pで問題なく利用できています。

PIEだけでなく、Pointerも問題ありません。

私がメインで使っているrootアプリは、Nexus5X/Nexus6Pでも正常に使えているので安心です。
端末の暗号化が解除されているか確認する
最後に、root化と同時に端末の暗号化も解除されているか確認します。設定から「セキュリティ」をタップします。

「スマートフォンの暗号化」をタップして「スマートフォンを暗号化」がグレーアウトして暗号化できない状態であれば、Nexus5X/Nexus6Pの暗号化は解除されています。

なお、端末の暗号化を解除すると体感速度が控除するという話もありますが、Nexus6を暗号化したときと同様私には違いが分かりません。
私には違いが分かりませんでしたが、体感で違いを感じる人もいると思うので、Nexus5X/Nexus6Pの暗号化を解除したい人は試してみてください。
Nexus5X/Nexus6Pのroot化と暗号化の強制解除(無効化)方法・手順は以上です。
Nexus5X/Nexus6Pのレビュー
Nexus5X/Nexus6P(ネクサス5X)SIMフリー購入レビューと使い方まとめ