TWRPは、端末のROMごとバックアップできたり、カスタムROM、カスタムカーネルなどをNexus9単体でインストールできるカスタムリカバリです。
私自身、Galaxy NexusやNexus5、Nexus7などすべてのNexusデバイスやOnePlus Oneなど非NexusデバイスでもTWRPを愛用しています。
TWRPを導入しておくことで、システムやアプリを含めたすべてのデータを丸ごとバックアップできるので、ROM焼きでもし失敗してもすぐに元の状態に戻すことができます。
Nexus9をRoot化していろいろいじる予定であれば、TWRPは導入しておくことをおすすめします。
source:XDA